В том то и дело что нет товаров, ставлю на отметку "Установить количество товара в ноль" - но в ноль количество не ставит для товаров, которых нет в списке csv. Попробуй у себя проделать такое, версию я писал лпрограммы может к меня корявая ( скачивал с этой темы страницу не помню).Там написано Установить количество товара в ноль, если они не указаны в csv, про отключение тоже самое. В твоем файле импорта есть эти товары?
Пользуйся просто для этих целей массовым модификатором или указуй нужные значения прям в csv