Есть несколько способов:
1. как сказано было выше - экспортировать таблицы из старого магазина в новый, но при этом проверить структуру.
2. использовать модуль
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся с учетом названия столбцов. Если не хватает памяти то грузить частями, вы это все равно сделаете 1 раз при переносе на новую версию.
3. Еще есть варик, сделать на первом магазине выгрузку товара в файл/прайс в формате xml, а на 2ом магазине написать по быстрому xml-парсер и разложить все там где оно и лежало. Единственное, что надо будет подумать на пример над тем, как перекинуть фото.
А лучше всего, на будущее, написать свои обработчики прайс-листов, как в прочем я и сделал

для excel-прайсов - использовать библиотеку "PHPExcel", для csv, есть вот такая шняга -
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся (можно в принципе даже все перегонять в csv и там выбирать таблицу с товаром)
Ну а в целом, когда эти поставщики-"****ебы" все перейдут на xml - будет нам счастье. Жаль, что из моих 21-го поставщика xml только у 9-ти (((