Сюда еще нужно дописать проверку на наличие новых файликов, наскоко я понял это защита какаято ...
Желательно чебы список файлов составлялся для все которые можно юзать при взломе сайта (php, .htaccess, php3, php4, php5, phtml, shtml, js ... ), и обновлялся допустим раз в неделю.
Потом происхода проверка дерикторий на наличие инородных файлов по маске.
ну как дополнение к ТС