На вскидку:
1) делаеш дамп таблицы *_comments
2) берешь TextPipe, вбиваеш там "удалить между тегами" <a href и </a> включая сами теги (ну или посмотри конструкцию, в каком виде дле парсит ссылки в камментах в базу, чтоб то, что надо удалилось). Если тебе надо просто удалить активные ссылки, а анкоры оставить, то там есть "удалить все html теги" Если дле в базе хранит теги не просто html кодом а с дополнениями и экранированиями, то потом пройтись после удаления ссылок с удалением этих экранирований.
3) прогоняеш по дампу такую обработку текстпаймом.
4) заливаеш дамп таблицы назад
В результате у тебя либо не остается ни одной ссылки в камментах, либо ничего не получается и ты заливаеш назад первоначальную таблицу и думаешь, что еще сделать.
Про бекапы не забываем. И таблицу забекапить и можно всю базу забекапить на всякий случай. А, и еще, по всей базе (не только по таблице) так прогонять не надо, похерит вообще все ссылки на сайте.
пы. сы. если по всему бекапу пройтись с переводом табов в пробелы, удалением двойных пробелов и переводом </ br> в <br> то база может очень сильно полегчать и начать шустрее работать. Делаю так на всех больших сайтах своих именно текстпайпом. Внешне на сайте это не отразится, если конечно множественные пробелы и табы там не использованы специально в контенте где-то.