При использовании типа баз/таблиц InnoDB такая ситуация возможна при некоторых настройках БД.
Если точнее, то для повышения производительности при таком типе таблиц достаточно часто изменяют хранилище ibdata* с единого на все базы (дефолтно) на разделенное (каждой InnoDB базе свой файл создается).
Из за особенностей этого типа хранилищ это значительно снижает нагрузку на диск в ряде случаев, для хостеров это более чем актуально на мой взгляд. Если же при таком раскладе появляется одна большая база на несколько движков с высокой нагрузкой, то разделение ее на несколько меньших баз вполне оправдано.
Тоесть, если у тебя твоя единая база такого типа, то на самом деле может иметь смысл разделить ее на 2 базы и хостер твой прав.
Но если у тебя база MyISAM, разделение ничего не изменит и требования хостера по сути безосновательны.
Посмотри на все таблицы в базе если там нет InnoDB но при этом сама база в InnoDB, то достаточно будет просто сдампить существующую базу, снести ее (или рядом создать новую сначала на всякий случай, типа не получится что-то) и новую сделать MyISAM и залить дамп в нее. Это тоже решит проблему. Если в самих таблицах присутствует InnoDB то чисто теоретически можно сменить их тип на MyISAM и сделать то, что в предидущем предложении посоветовал - вполне может решить траблу, но лучше если не занеш - не лезть и последовать совету хостера в этом случае.
п.с. Конверт базы "на лету" из InnoDB в MyISAM проблему не решит, а при значительном размере базы положит хост мускула "на раз-два" и хостер тебя вполне обосновано натянет за это. Так что толкьо через дамп и пересоздание базы сразу в нужном типе решается все это.
п.п.с. А вообще первый раз вижу, чтоб количеством таблиц мерили нагрузку на базу. Какого она у тебя размера в дампе выходит?